Yamamoto mengarah operasi bagi Pertempuran Laut Jawa pada 27 Februari–28 Februari 1942. Tanpa pembabitan basar kuasa udara dan pertempuran hampir sepenuhnya berlaku antara penjajap, pihak Jepun mengalahkan pasukan kapal gabungan Belanda, British, dan Amerika Syarikat, dengan itu membolehkan Jepun merampas Jawa.

Pada bulan yang sama, Laksamana Yamamoto, yang bertanggung jawab merancang serangan keatas Pearl Harbor yang berjaya, mencadangkan penjajahan Australia serta-merta. Dia baru sahaja melaksanakan serangan bom pada Darwin di Wilayah Utara. Dia merayu dengan Kakitangan Umum Jepun (Japanese General Staff), untuk mendaratkan dua Division Tentera Jepun dipersisiran utara Australia yang mempunyai pertahanan yang lemah. Mereka merancang untuk menyusur landasan kereta api utara-selatan sehingga ke Adelaide, dengan itu membahagikan Australia kepada dua medan hadapan. Apabila Adelaide telah dirampas, pasukan kedua akan mendarat disebelah persisiran timur laut Australia dan menuju keutara ke Sydney dan kearah selatan ke Melbourne.

Rancangan Yamamoto kelihatannya sebagai rancangan mengumpan dan bukanlah rancangan bagi menjajah Australia. Dia ingin menarik sebahagian besar tentera Amerika daripada melancarkan serangan keatas kelompok Kepulauan Jepun jauh di utara Australia.

Jeneral Yamashita bersetuju dengan Rancangan Penjajahan Yamamoto malah menawarkan diri bagi mengetua penjajahan tersebut. Bagaimanapun, rancangan itu ditentang oleh Perdana Menteri Jepun, Jeneral Tojo, kerana dia percaya bahawa tiada rancangan kecermasan (contingency plans) dipertimbangkan dalam Rancangan Penjajahan Yamamoto. Jeneral Tojo bimbangkan angkatan perdagangan Jepun telah direnggang kepada jangkauan maksima dan pihak Amerika dengan mudah dapat mengalihkan B-17 Flying Fortress mereka ke Sydney untuk memusnahkan pasukan penjajahan.

Maharaja Hirohito memutuskan bagi melengahkan Rancangan Penjajahan sehingga pasukan Jepun berjaya menduduki Burma dan bergabung dengan pemberontak Indian Nationalists. Keputusan Pertempuran Laut Karang (Coral Sea) dan Midway memastikan bahawa Pelan Penjajahan Australia tidak pernah dipertimbangkan kembali.